死んでしまったジゼルの霊は「ウィリ」の世界へと迷い込む。
「ウィリ」とは処女のまま死んだ娘たちが死後変化（へんげ）した恐るべき妖精たちで、「ウィリ」の女王ミルタが支配している。
ミルタにより「ウィリ」へと変化させられたジゼル。
迷い込んで来たヒラリオンは「ウィリ」によって死のダンスを踊らされ、死んでいく。
アルブレヒトが白い百合の花を持ち、「ウィリ」の世界へやって来る。
その顔には深い後悔の念が表れている。
ジゼルの墓へ白百合を捧げるアルブレヒト。
「ウィリ」なったジゼルと再会を果たす。
ひととき共に踊る二人。
しかしミルタの率いる「ウィリ」たちが現れ、アルブレヒトを殺そうとする。
女王ミルタの命令を拒否してアルブレヒトを助けようとするジゼル。
ミルタはそれを許さない。
死のダンスを始めるアルブレヒト、身を呈してそれを阻止しようとするジゼル。
しかし強大なミルタ、そして「ウィリ」の力は遂にアルブレヒトを瀕死の状態まで追い詰める。
ここで奇跡が起こる。